St. Michael ligger lidt hævet over Donau på en terrasse ved foden af Michaelerberg, som her falder stejlt ned i Donau, mellem Spitz an der Donau og Weißenkirchen in der Wachau i det område, hvor Karl den Store efter 800 var konge af Det frankiske kejserrige fra 768 til 814 Reichs var det område, der blev doneret til bisperådet i Passau. Bispesædet i Passau var prinsbiskopperne af Passau sekulære herredømme, som eksisterede indtil 1803, tiden for sekularisering, sekularisering, adskillelse af kirke og stat.
På den nuværende placering af St. Michaels Kirke lod Karl den Store bygge en Michael-helligdom i stedet for en keltisk offerplads. I kristendommen betragtes Sankt Michael som djævelens dræber og den øverste hærfører for Herrens hær. Efter det sejrrige slag ved Lechfeld den 10. august 955, kulminationen på de ungarske invasioner, blev ærkeenglen Michael skytshelgen for det østfrankiske imperium, den østlige del af imperiet, der opstod ved opdelingen af Frankerriget i 843, tidlig middelalderlig forløber for Det Hellige Romerske Rige, forklaret.
Udvendigt består Sankt Michaels kirke af et fire-faget skib med et tilbagetrukket, tre-faget kor med en fem-ottedels tone, omgivende gesims og overgavle støttepiller med vandhammer. Vinduerne med to og tre paneler har fiskeskål, trefoil og halvcirkelformede bueformer. På sydsiden er der en rigt sprosset skulderbueportal. På korryggen findes terracottakulturer af hjorte og heste, de såkaldte harer. Det fire-etagers vesttårn med en gesimsstruktur er sat halvvejs ind i skibet. Skibet, støttepillerne og tårnet består af upudset brudstensmurværk med lokale sten og stilladshuller.
Med fremkomsten af kanoner i det 14. århundrede blev firkantede befæstningstårne erstattet af runde tårne, da runde tårne er mindre modtagelige for skader fra kanonkugler, der rammer dem fra siden. St. Michaels omsluttende mur, som oprindeligt var omkring 7 meter høj og delvist tjente som foringsmur på grund af niveauforskellen til Donau, blev hævet i 1575 og forstærket i 1605 og 1677. Det runde tårn i det sydøstlige hjørne af fæstningsværket var tidligere forbundet med ossuariet med en gangbar buet bro, i dag med et flydende gulv
Fyrste-ærkebispestolen i Salzburg regerede på højre side af Donau fra 860, mens venstre side var underordnet bisperådet i Passau. Efter at bispedømmet Passau var en suffragan af ærkebispedømmet Salzburg, tilhørte hele Wachau direkte eller indirekte prins-ærkebispedømmet i Salzburg. Et suffragan-bispedømme er et bispedømme af én ærkebispedømmet er underordnet. Den befæstede kirke St. Michael var moderkirken til Wachau. Siden sognets opløsning i 1784 af kejser Joseph II, har Sankt Michael været en underkirke til Wösendorf sogn. Inden da havde Wösendorfs sogn siden det 12. århundrede været en filial af Sankt Michael.
St. Michaels ossuarium, bygget i slutningen af det 14. århundrede, blev doneret i 1395 af Wösendorf-borgeren "Seyfrid den freytl" og hans hustru Margret. Ossuariet øst for Sankt Michaels grenkirke er en smal, høj bygning med fem ottendedels grad og kraftige, trinformede støtteben samt to-sporede spidsbuevinduer med quatrefoil tracery og lancetvinduer med trefoil lukning. Den vestlige glatte gavlvæg er kronet af et sekssidet fremspringende rygtårn med en pyramideformet hjelm og en gavlkrans på en konsol.
Spidsbueportalen har også til huse i den vestlige gavlvæg. På vestvæggen ses resterne af et monumentalt vægmaleri af Sankt Christopher med hertughat fra 4. kvartal af det 15. århundrede. Indvendigt har ossuariet en enkelt bugt med ribbet hvælving på kalkkonsoller og en reliefslutsten med et våbenskjold med tre hjerter. Inventaret består af mumierester i montrer og 3 Josephine-sparekister. Det specielle ved Sankt Michaels ossuarium er, at bygningen, der omtales som ossuary, er et kapel med et ossuarium. Et ossuarium, altså et ossuarium, var et opsamlingssted for knoglerne fra kirkegårde, hvor der skulle gøres plads til yderligere begravelser. Ossuarer blev indført i det 11. og 12. århundrede. Ossuariet er derfor ofte forbundet med en kirkegård, som i St. Michael. Især i denne form kaldes ossuariet Karner. Kristne ossuarier er ofte dedikeret til ærkeenglen Michael. De kan have to etager eller tilføjes senere, ofte med et kapel i det øverste rum. Ved begyndelsen af det 20. århundrede gik osuarierne ud af brug.
Wachau strakte sig tidligere fra Spitz an der Donau til Weißenkirchen in der Wachau, og dalbunden fra St. Michael via Wösendorf og Joching til Weißenkirchen var kendt som Thal Wachau.
Indtil 1850 var den alluviale terrasse på den nordlige bred af Donau fra St. Michael til Weißenkirchen kendt som 'Wachau-dalen'. Thal Wachau omfatter byerne Weißenkirchen, Joching, Wösendorf og St. Michael, som tilsammen udgør en enkelt enhed. Vinstokke blev allerede dyrket i Wachau-dalen i det 9. århundrede. I Thal Wachau Vinothek i Weißenkirchen præsenterer Thal Wachau-vinbønderne deres vine, som kan smages fra april til oktober.