Odporúčané ročné obdobia pre Dunajskú cyklocestu Passau-Viedeň sú:
Najlepší čas na Dunajskú cyklotrasu je na jar máj a jún a na jeseň september a október. Uprostred leta, v júli a auguste, môže byť niekedy príliš horúco na to, aby sa dalo bicyklovať cez deň. Ale ak máte deti, ktoré sú v lete na prázdninách, budete v tomto období na Dunajskej cyklotrase a využijete o niečo chladnejšie časy dňa, ako je ráno a večer, na pokračovanie v bicyklovaní. Výhodou letných teplôt je, že sa môžete okúpať v Dunaji. Krásne miesta sú aj vo Wachau v Spitz an der Donau, vo Weißenkirchene in der Wachau a v Rossatzbachu. Ak cestujete so stanom po Dunajskej cykloceste, užijete si aj letné teploty. Cez leto je však vhodné sadnúť na bicykel veľmi skoro ráno a horúcejšie dni stráviť v tieni pri Dunaji. Priamo pri vode je vždy chladný vánok. Večer, keď sa ochladí, sa dá spraviť ešte pár kilometrov.
V apríli je počasie ešte trochu nestabilné. Na druhej strane môže byť veľmi príjemné byť vonku na Dunajskej cyklotrase vo Wachau v čase, keď kvitnú marhule. Koncom augusta začiatkom septembra vždy nastáva zmena počasia, v dôsledku ktorej výrazne klesá prúd cyklistov na Dunajskej cyklotrase, hoci ideálne cyklistické počasie prevláda od 2. septembrového týždňa do pol. októbra. Bývať v tomto období na Dunajskej cyklotrase vo Wachau je obzvlášť príjemné, pretože zber hrozna sa začína koncom septembra a vy môžete sledovať, ako vinohradníci oberajú hrozno. Často je aj možnosť ochutnať začínajúce kvasné víno, ktoré sa v Dolnom Rakúsku nazýva „Sturm“, pri jazde okolo vinohradníckej farmy.