Odporúčané ročné obdobia pre Dunajskú cyklocestu Passau-Viedeň sú:

Najlepší čas na Dunajskú cyklotrasu je na jar máj a jún a na jeseň september a október. Cez leto, v júli a auguste, je príliš horúco. Ale ak máte deti, ktoré sú v lete na prázdninách, aj tak budete v tomto období na Dunajskej cyklotrase. Jedna výhoda letných teplôt prichádza pri kempovaní. Cez leto je však vhodné sadnúť na bicykel veľmi skoro ráno a horúcejšie dni stráviť v tieni pri Dunaji. Priamo pri vode je vždy chladný vánok. Večer, keď sa ochladí, sa dá ešte prejsť niekoľko kilometrov po Dunajskej cykloceste.

V apríli je počasie ešte trochu nestabilné. Na druhej strane môže byť veľmi príjemné byť vonku na Dunajskej cyklotrase vo Wachau v čase, keď kvitnú marhule. Koncom augusta začiatkom septembra vždy nastáva zmena počasia, v dôsledku čoho prúd cyklistov na Dunajskom cyklochodníku výrazne klesá, hoci ideálne cyklistické počasie prevláda od 2. septembrového týždňa do pol. októbra. Bývať v tomto období na Dunajskej cyklotrase vo Wachau je obzvlášť príjemné, pretože zber hrozna sa začína koncom septembra.