St. Michael liegt leicht erhöht oberhalb der Donau auf einer Terrasse am Fuße des hier steil in die Donau abfallenden Michaelerberges zwischen Spitz an der Donau und Weißenkirchen in der Wachau im Bereich des nach 800 von Karl dem Großen, der von 768 bis 814 König des Fränkischen Reichs war, an das Hochstift Passau geschenkten Gebietes. Das Hochstift Passau war der weltliche Herrschaftsbereich der Fürstbischöfe von Passau, der bis 1803, dem Zeitpunkt der Säkularisation, der Verweltlichung, der Trennung von Kirche und Staat, bestand.