Auf einem, zum Melk Fluss und der Donau nach Norden hin, steil abfallendem Felsen leuchtet das monumentale Benediktiner Stift Melk weithin sichtbar in sattem Gelb. Als eines der schönsten und größten einheitlichen Barockensembles Europas ist es UNESCO Welterbe.
831 wird der Ort als Medilica (= Grenzfluss) urkundlich erwähnt und war als königlicher Zoll- und Burgbezirk bedeutend.
In der zweiten Hälfte des 10. Jahrhunderts wurde der Babenberger Leopold I. vom Kaiser mit einem schmalen Streifen entlang der Donau belehnt, in dessen Mitte die Burg, eine befestigte Ansiedlung, lag.
In Handschriften der Stiftsbibliothek Melk wird auf eine Gemeinschaft von Priestern, bereits unter Markgraf Leopold I., verwiesen. Mit der Erweiterung des Herrschaftsbereichs in Richtung Osten nach Tulln, Klosterneuburg und Wien, verlor die Melker Burg an Bedeutung. Melk diente aber als Begräbnisstätte der Babenberger und Grablege des hl. Koloman, des ersten Schutzpatrons des Landes.
Markgraf Leopold II ließ auf dem Felsen oberhalb der Stadt ein Kloster errichten, in welches 1089 Benediktinermönche des Stiftes Lambach einzogen. Leopold III. übertrug an die Benediktiner die Babenberger Burgfestung, sowie Güter und Pfarren und die Ortschaft Melk.
Da das Kloster eine markgräfliche Gründung war, wurde es 1122 aus der Zuständigkeit des Bistums Passau ausgegliedert und dem Papst direkt unterstellt.
Bis ins 13. Jhdt. erlebte das Melker Stift einen kulturell geistigen und wirtschaftlichen Aufschwung und eine Klosterschule ist bereits 1160 in Handschriften dokumentiert.
Ein großer Brand zerstörte Ende des 13. Jhdt. Kloster, Kirche und alle Nebengebäude. Pest und Missernten erschütterten die klösterliche Disziplin und die wirtschaftlichen Grundlagen. Kritik an der Verweltlichung der Mönche und an damit verbundenen Missständen in den Klöstern hatten eine, 1414 im Konzil von Konstanz beschlossene, Reform zur Folge. Dem Vorbild des italienischen Klosters Subiaco folgend, sollten sich alle Benediktinerklöster an den Idealen der Benediktsregel ausrichten. Zentrum dieser Erneuerungen war Melk.
Nikolaus Seyringer, Abt des italienischen Benediktinerklosters in Subiaco und ehemaliger Rektor der Universität Wien, wurde als Abt im Melker Kloster eingesetzt, um die „Melker Reform“ umzusetzen. Unter ihm wurde Melk zu einem Musterbeispiel strenger monastischer Disziplin und in Verbindung mit der Wiener Universität zu einem kulturellen Zentrum im 15. Jhdt.
Zwei Drittel der bis heute überlieferten Melker Handschriften stammen aus dieser Zeit.